本发明涉及一种由微生物菌剂、有机物料组成的组合物在防治当归麻口病中的应用，其特征在于，所述组合物包括微生物菌剂和有机物料，其中微生物菌剂和有机物料的质量比为3:1-8:1，所述微生物菌剂为木霉菌、枯草芽孢杆菌等，所述有机物料中的成分包括多酚、有机质等。本发明组合物为绿色生物制剂，相比化学药剂安全无残留，施用量小，起效快，成本低，适用于淋根沟施或叶面喷施。使用本发明绿色防护方法种植的当归产量高、质量好，安全无残留。